siRNA原理

siRNA为 small interfering RNA的缩写，siRNA与靶向特异性的mRNA结合，通过RNA介导的沉默复合体RISC（RNA-induce siliencing complex）介导mRNA的降解。siRNA长度一般为21-23nt，被RISC识别结合之后，siRNA发生解旋。然后RISC在siRNA的反义链指导下，寻找具有同源序列的内源性的mRNA，并在距离5’端10-11位碱基之间切割mRNA，从而导致转录后基因沉默。

siRNA的原理如下：

2. siRNA设计步骤

1）选择一个靶基因的目的片段位置，并显示出代表性的siRNA序列；

2）从候选的siRNA中排除含有SNP位点的和位于非开放阅读框架的片段；

3）去除一些不利siRNA序列，如简并碱基、毒性结构域、重复序列、高GC/低GC序列；

4）从热力学、高 级结构等打分，列出从高到低的序列；

5）将siRNA片段进行Blast分析，去除非特异结合的序列；

6）预设计几条siRNA序列

3.siRNA在线设计网址

siRNA有很多在线设计工具。我们今天介绍两个在线设计工具，以p21为例，我们在pubmed上面找到其mRNA的序列。并得到FASTA格式的序列：

首先我们来看一下第 一个在线设计工具，我们打开网址 http://sidirect2.rnai.jp/

在上面的界面中，我们可以输入Accestion number，我们也可以直接输入FASTA格式的序列，直接点击“design siRNA”即可，或者可以点击 Options，进行一些其他的设置。稍等片刻，得到如下的结果：

结果中显示了目标位置，靶序列，RNA oligo等一些其他的信息。

接下来我们看一下另外一个在线工具，同样以p21为例，打开下面网址：http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.html

这个在线工具中，只能输入FASTA数据。然后点击“Run analysis”得到如下的结果：

这个结果中，排名越靠前，预测的效果越好。我们结合第 一个在线工具来分析，发现在696附近的siRNA序列在两种预测软件中都有，所以我们可以选择在696附近的序列作为我们待验证的siRNA序列。

PS: 需要注意的是，有的 siRNA 序列在设计时没有遵守这些指导方针，实验证明也具有很高的干扰效应。说明我们只能根据上述指导方针设计出理论上具有较高沉默效应的 siRNA 序列，siRNA 的活性需要用实验来验证 。